日本有机棉协会(以下简称JOCA)已废除自身的认证体系，并且为国内生产的产品也按照全球有机纺织品标准协会“纯棉”和“混纺”的两个质量标签字样标示。

　　JOCA在过去仅按照自己的标准对产品进行认证，拒绝GOTS。同时他们也提供自用的标示。但随着国际化的要求，日本JOCA越来越不适应国际市场的要求，而国际权威认证机构GOTS颁发日益深入人心，GOTS已拥有相当的世界地位。此GOTS的核心就在于能确保有机纺织品从收获原材料、通过环保和符合企业社会责任方式生产，以及到最后产品包装贴标的规范性，以确保给终端消费者带来可信赖的产品。

　　日本所有原棉都依赖进口，JOCA一再强调要注明出产国。同时，它也负责从纺纱、纺织、印染、漂洗等全程监控。然而，近几年来，全球纺织品认证发生了一些改变，包括JOCA和GOTS协议，全球认证标准及认证机构也在发生变化，所有公司均需按照最高认证标准。现在许多跨国公司已通过GOTS的检查和认证。

　　随着农业领域有机认证的不断国际化，全球对纺织业的认证标准、认证活动及认证机构也愈来愈严格。在过去，日本JOCA曾多次使用自己的标准认证，由此，他们并不属于第三方认证，难以获得国际认可，却将GOTS拒之门外。JOCA曾保证只向成员公司提交认证文件，这些公司通常是其供应链，未经现场检验，因此产品是否符合标准受到国际市场的质疑。迄今为止，GOTS认证标准已真正被日本JOCA采纳，JOCA则是日本GOTS的官方认证商。

　　JOCA也将向子公司提供认证标示，促进并提倡有机棉及其产品在日本市场的推广，培训并支持公司获取GOTS认证。JOCA标准曾由日本民间制定和执行，并不具备法律约束力，因此日本企业可在控制成本与执行标准之间进行选择，因此这就造成实际生产的产品参差不齐。