4月10日，国务院发布了关于建立粮食生产功能区和重要农产品生产保护区的指导意见，其中意见指出以新疆为重点，黄河流域、长江流域主产区为补充，划定棉花生产保护区3500万亩，国家再次从战略高度明确新疆棉花生产的重要地位，同时也强调了两河流域作为棉花生产的补充地位。
近年来，由于植棉效益下降和经济社会发展的影响，内地棉农植棉积极性下降，种植面积大幅减少，据国家棉花市场监测系统统计，2016年全国植棉总面积在4384.5万亩，其中黄河流域植棉总面积在832.5万亩，同比下降24.8%，长江流域植棉总面积在574.5万亩，同比下降27.7%，新疆植棉总面积在2904.5万亩。内地“两河流域”和新疆地区植棉总面积达到4311.5万亩，占全国比重为98.3%，可见以上三地区是国内棉花生产最为重要的地区，而新疆则是重中之重。此次意见出台，再次明确了国内棉花生产格局，新疆为主，两河流域为补充。
此前内地棉花专业人士呼吁，鉴于内地棉花面积连续大幅下降，为了保证棉花供应数量和质量，稳定国内棉花供需，建议加大内地植棉支持力度，毕竟内地宜棉区还有广大土地可以利用。
从2014年开始，为了稳定棉花生产局面，国家出台了新疆棉花目标价格补贴政策，同时规定内地补贴范围覆盖山东、湖北、湖南、河北、江苏、安徽、河南、江西和甘肃9省，2014年度补贴标准为2000元/吨，以后年度的补贴标准以新疆补贴额的60%为依据，上限不超过2000元/吨。从补贴力度上来说，国家早已将新疆地区作为棉花生产的中心区了。
虽然补贴实施了三年，新疆地区成效显著，棉花面积和质量得到了保证，但是由于内地补贴标准低于新疆地区，棉农植棉收益有限。此次指导意见出台，能否提振内地棉农植棉情绪，改善植棉窘况还有待观察。
