天然色素具有安全无毒性、无致癌性和可生物降解等特点，随着各国对绿色环保产品的追求，天然色素在市场上的需求逐年增加，单单依靠动植物中的提取已经不能满足人类的需求。而微生物的分布广，种类繁多，因此，微生物染色在纺织领域具有广阔的应用前景。
微生物色素
微生物色素是微生物的一种次级代谢产物，色素颜色种类较多，有红、橙、黄、绿、青、紫、黑、棕等各种颜色。微生物色素可以分为水溶性和非水溶性色素两种。与其他天然染料相比，微生物色素的生产周期短，成本低廉，更易于工业化生产。
微生物色素的产生方式主要有两种，一种是微生物生长过程中的分泌物，另一种是以培养基中的某一成分作为底物进行转化而形成的色素。对于后者，需要在培养基中加入色素产生需要的物质，促进色素生成，提高色素产量。
微生物染色方法
【萃取液染色法】
萃取染色法就是用液体培养基培养微生物，使之代谢出大量的色素，并经过分离、萃取和浓缩的过程，得到色素溶液。
所得色素溶液既可以直接作为染液使用，也可以被制成色素粉末使用。萃取液染色法的优点是适用范围广，易于工业化生产，缺点是提取工艺繁琐，成本较高。
【菌体染色法】
菌体染色法因培养基的不同而分为两种方式。一种是液体发酵培养液，当微生物代谢出大量色素时，直接将无菌织物放入培养液中培养染色；另一种是固体琼脂培养基，经过一段时间培养，微生物代谢出大量色素时，将菌体和培养基内加入水，煮沸，然后再将织物在80℃条件下染色。
菌体染色法的优点是工艺简单，省时省力，易于操作，缺点是不适用于产生非水溶性色素的微生物。