新疆的籽棉市场并非是一个完全自由交易的市场，存在新疆地方和新疆生产建设兵团两个市场的分化与差异。
自2014年实施新疆棉花目标价格补贴以来，为方便管理，地方和兵团的籽棉市场无法互交互认，地方公示的棉花加工企业只能收购地方棉花，兵团公示的棉花加工企业只能收购兵团棉花，严禁违规混收兵地棉花。
不过，近年来兵地融合的呼声越来越高。日前，新疆维吾尔自治区、新疆生产建设兵团分别印发《实施方案》，加大对高品质棉花的支持力度，有序推动次宜棉区退出棉花生产，推进棉花种植向生产保护区集中，全面推行籽棉兵地互交互认，加快实现兵地棉花市场融合，具体影响的落脚点在局部区域籽棉供需和补贴标准两个方面。
在兵地融合的背景下，局部区域的籽棉供需将有明显变化。今年，阿拉尔、图木舒克的籽棉交售价格与周围自治区的籽棉价差有望走高。以南疆产区为例，南疆棉花产区共包含五个地方地区（喀什地区、阿克苏地区、巴音郭楞蒙古自治州、克孜勒苏柯尔克孜自治州、和田地区）和四个师市合一的兵团城市（一师阿拉尔、二师铁门关、三师图木舒克、十四师昆玉）。其中，喀什地区、阿克苏地区、巴音郭楞蒙古自治州、一师阿拉尔、二师铁门关、三师图木舒克是主要的棉花产区。
根据《实施方案》，南疆棉花产区将于今年放开兵地棉花市场。按照棉农交售惯例，籽棉交售半径相对有限，所以一师阿拉尔的籽棉市场将就近与阿克苏市和阿瓦提县的籽棉市场融合，二师铁门关的籽棉市场将就近与库尔勒和轮台的籽棉市场融合，三师图木舒克的籽棉市场将就近与喀什地区巴楚县融合。
