自治区发展改革委、质量技术监督局、工商行政管理局、公安消防总队联合制定《加强棉花质量事中事后监管的意见》(以下简称《意见》)，要求企业必须符合硬性技术条件，才有资格从事棉花加工。
《意见》对棉花加工企业要求的“硬性条件”主要集中在加工面积、加工设备、加工能力等方面。
企业需具备与棉花加工规模相适应的收购场地，包括专用水泥地坪或砖地不小于1000平方米、籽棉堆放场地不小于4800平方米、皮棉堆放场地不小于3000平方米等。
企业还需具备符合技术要求的分级室、试轧室、留样室及仪器检验室，各室面积须分别在12平方米及以上，以满足进厂籽棉质量检验及加工皮棉质量检验要求。
企业更需具备压力吨位400吨及以上液压打包机，每条轧花生产线的皮棉加工量不低于每小时2000公斤的加工能力等。
满足以上“硬性条件”的企业，想要从事棉花加工，还要经过发改、质监、工商、消防等部门的联合验收。经验收合格的，报自治区发展改革委对棉花加工企业名单进行公示。经公示无异议后，由自治区质量技术监督局向已公示的棉花加工企业发放公证检验条码。
2017年年6月28日自治区全面取消棉花加工资格认定行政许可，取而代之的是棉花事中事后监管。
目前全疆共有899家(其中地方694家、兵团205家)棉花加工企业，1200条(其中地方818条、兵团382条)生产线。全疆棉花大包型加工能力达到600万吨(其中地方409万吨，兵团191万吨)。
