新疆棉向内地移库的两种途径是铁路运输和公路运输。在公路与铁路运输棉花同样实行500元/吨的运费补贴政策实施后，公路运价与运到时限较铁路有明显优势，汽运成为疆棉外运的首选。目前新疆籽棉采摘即将结束，棉企收购、加工进度不断加快，新疆棉销售进度却不如人意，新疆棉外运成为新疆棉企和内地纺企最头疼的问题——那么，今年新疆棉面临出疆难?
据中国铁路总公司数据显示，2015年铁路棉花年运量在380-400万吨，2015年出现严重下滑，全年完成279万吨，同比下降43.8%，2016年1-8月铁路累计发运棉花75万吨，同比下降55.2%。这样看来，新疆棉大量向内地移库销售还需时日，内地纺企若不能及时用上新疆棉，也可以考虑使用地产棉。
9月21日被称为史上最严限超令的《超限运输车辆行驶公路管理规定》开始实行，该规定降低超限超载标准吨位，导致皮棉公路出疆运输费用有较大幅度上涨，原来六轴车可装165-175件，现在只能装130-135件，理论上，这将使得棉花运输成本至少上涨20%。
在此情况下，10月初新疆棉向内地移库的汽运价格上调100元/吨左右，10月中下旬上调120-150元/吨，11月汽运费用全线上调100-200元/吨，累计涨幅超300元/吨。由于汽运费用上调，棉企又将目光转移到铁运，那么铁路运价怎么样呢?据乌鲁木齐铁路.局规定，11月1日起，58-60吨棚车运费由之前的下调7%恢复至原价，70吨棚车运费下调8%。
不管是铁运还是汽运，运费都有明显上涨，新疆棉企接受高额的运费，那么新疆棉向内地销售的问题就能解决了吗?并非如此，据奎屯地区仓库介绍，周边铁路运输已全部预定至12月中旬，眼下正值新疆大枣、核桃等农产品及能源集中出疆的时候，加上公路运输成本增加，导致大量出疆棉花流向铁路，加剧车皮紧张情况。汽运方面，虽运费有所上涨，但车队、个体司机并不感冒。
11、12月疆内棉花短倒入库压力仍很大，司机不愁没有活干，再加上疆内一辆车可以运输186包(出疆只能装运133包左右)、时间短、收入高，加之新疆地区低温、降雨、降雪天气到来，向内地运输周期长、危险较大，因此疆内车辆并不愿意出疆。
