试点政策实行两年多来，取得了较好的效果。市场形成价格机制基本建立，市场主体市场意识明显增强，农民利益得到了一定程度的保护，财政资金补贴效率提升。考虑到棉花目标价格补贴试点政策效果较好、市场主体满意度较高、地方政府对政策比较认可、新疆特殊区情等多方面因素，建议继续在新疆地区实行棉花目标价格补贴政策。对于存在的问题需要通过调整目标价格定价机制、完善补贴方案等逐步解决。
一是市场形成价格机制基本建立。实行目标价格补贴试点政策以来，国内棉花价格快速下跌，国内外价格联动性进一步增强，国内外棉花价差快速缩小，内外价差回归至合理区间，产业竞争力提升，棉花进口大幅下降。2014年5月-2016年3月，1%关税下进口棉价格指数m级(相当于国内3128b级棉花)每吨与国内棉价差距从3236元下降到809元，降75%。市场主体适应市场能力明显增强，市场倒逼机制逐渐形成，棉农、加工企业等市场主体积极捕捉和理解市场信号，并开始适应和调整。此外，为配合棉花目标价格改革实行的在库公检制度，堵住了棉花质量管理中的漏洞，改善了市场环境，规范了市场秩序，而且彻底解决了多年来新疆棉花生产底数不清的老大难问题。
二是农民利益得到一定程度的保护。2014年实行目标价格以来由于全球及国内经济增长乏力，棉花供给偏大需求不足，国内外棉花价格持续下行，棉农售棉收入明显下降。但由于有国家补贴，较好地弥补了棉农的市场损失。2014、2015年新疆棉农(地方)得到的补贴平均每亩约444.0元和497.5元，加上目标价格补贴新疆农民每亩植棉净利润分别为164.4元和89.5元(现金收入分别为581.4元和509.5元)，在国内外棉花价格持续低迷期能够做到植棉不亏本、有效益。
三是提高了补贴效率，减少了社会福利损失。相比临时收储政策，目标价格补贴政策将间接的“暗补”调整为直接的“明补”，减少了补贴环节，降低了补贴额度，提高了补贴效率。截至2013/14年度收储结束，我国棉花储备库存超过1200万吨，库存的账面成本达2000亿元左右。按照目前棉花现货价格水平，再考虑自然的降等降级，潜在的价差亏损在750亿元左右。另外，还得支出保管费用和贷款利息。按照每吨储备棉每年200元的保管费用(中央财政分别按中储棉直属库200元/吨、代储库每年180元/吨的标准进行补助)、1200元的贷款利息补贴测算，每年库存管理补贴支出160亿元左右。实行目标价格后，与临时收储政策相比，当年就直接节省了63亿元的保管和利息费用(按2014年度新疆实际产量450万吨、每年每吨1400元的保管利息费用计算)。
1.补贴金额超过我国入世承诺。按照wto规则，我国实行的目标价格补贴属于“黄箱补贴”，其补贴额度受到微量允许上限约束。按照入世承诺，我国特定品种“黄箱”补贴额不得超过该品种当年总产值的8.5%。从实践看，连续两年棉花目标价格补贴试点政策补贴额度都受到了补贴上限的约束。如果未来不采取措施规避将有可能引发其他成员国质疑并引发贸易争端。
2.政策预期不稳定。2014年实行棉花目标价格补贴试点政策以来，新疆做了大量的工作，纺织企业、加工企业、农民等市场主体对于目标价格补贴政策已基本理解和接受，对于何时补、补给谁、怎么补、补多少等政策细节已较为了解，政策实施的群众基础较好。但由于目标价格补贴政策仍然属于试点，试点结束后是否继续实行拟或是否会有大的调整市场主体都心存疑惑，迫切希望明确未来的政策走向。
3.目标价格制定标准不明确且变动太频繁。根据政策设计，目标价格水平是按照“成本+基本收益”的方法确定，在试点期一年一变。但从近三年实践看，存在以下两个问题：一是目标价格的制定更加困难。这三年棉花目标价格的制定并没有完全按照政策设计的“生产成本+基本收益”确定，最终都是不同部门、不同利益主体博弈的结果。由于不同主体、不同部门利益诉求不同，政策观点不一致，对产业发展认识也不同，各方意见分歧越来越大，导致目标价格的制定越来越难。因此，尽管新疆多次反映希望尽早制定和公布棉花目标价格，以便地方政府和广大棉农提早做好生产决策和准备工作，但由于决策机制的问题目标价格往往难产，每次都在当年的4月初左右才能最终确定公布。二是市场主体对目标价格水平预期不明。
2014-2016年，尽管棉花生产成本在增长，但棉花目标价格持续下调，未来是否还会继续下调拟或如何变动都无法明确，不利于市场主体生产决策。内地定额补贴效果不明显。试点期间，内地九省均按照棉花种植面积发放定额补贴。从实际执行情况看，补贴效果较差。一是为简化操作，一些省直接按照二轮土地承包面积或良种补贴面积发放补贴，农民不管种不种棉花都能领到补贴，没有实现补贴初衷，农民对此意见较大，尤其大户。二是补贴标准偏低，难以激发农户植棉积极性。相对于新疆，内地棉农补贴标准只有新疆的1/3，农户植棉效益偏低。受此影响，内地植棉面积和产量大幅下滑。据国家统计局统计，2015年内地棉花面积和产量为2842万亩和210.3万吨，分别比2013年降1099.5万亩和67.8万吨，降27.9%和24.4%。
